Matthews Collins Seminar - Palaeoproteomics: The Curse of the Dark Proteome

Titre :
Défis actuels et futurs en paléoprotéomique : la malédiction du "dark proteome"

Résumé :
Dans cette présentation, j’aborderai un ensemble de défis persistants et récurrents qui surviennent lors de l’application des approches bioinformatiques classiques aux jeux de données paléoprotéomiques. Une attention particulière sera portée à plusieurs études récentes et très médiatisées ayant utilisé des données protéomiques pour reconstituer la phylogénie des premiers hominines — des travaux qui, à première vue, soulèvent des questions sur la robustesse des analyses et la clarté des interprétations.
Je présenterai ensuite un nouveau projet collaboratif lancé à l’Université de Bordeaux, en partenariat avec le CBIB, Bordeaux Proteome, PACEA et l’IBGC. Ce projet vise à relever certains de ces défis, en se concentrant dans un premier temps sur l’étude d’une modification post-traductionnelle spécifique : la désamidation. Nous verrons comment ce travail pourrait poser les bases de la création d’un réseau européen de formation en paléoprotéomique.

Title:
Current and Future Challenges in Palaeoproteomics: The Curse of the Dark Proteome

Abstract:
In this talk, I will discuss a series of persistent and recurring challenges encountered when applying conventional bioinformatics approaches to palaeoproteomic datasets. Special attention will be given to recent high-profile studies that have used proteomic data to reconstruct early hominin phylogenies—studies that, at first glance, raise concerns about both the robustness of the analyses and the clarity of the interpretations.
I will then introduce a new collaborative project launched at the University of Bordeaux, involving colleagues from CBIB, Bordeaux Proteome, PACEA, and IBGC. This project aims to tackle some of these challenges, beginning with a focus on a specific post-translational modification: deamidation. I will also explore how this work could lay the foundation for establishing a European training network in palaeoproteomics.

Matthew Collins est professeur à l’Université de Copenhague et titulaire de la chaire McDonald en paléoprotéomique à l’Université de Cambridge. Pionnier de l’archéologie biomoléculaire, il a fondé le centre BioArCh à l’Université de York, réunissant biologie, chimie et archéologie.

Ses recherches explorent la survie des protéines dans les vestiges anciens, en combinant modélisation de la racémisation des acides aminés, reconstitution de l’histoire thermique des échantillons et spectrométrie de masse. Avec son ancien doctorant Mike Buckley, il a développé ZooMS, une méthode rapide et économique d’identification des espèces à partir d’os, de peaux et de cuirs archéologiques.

Élu membre de la British Academy, de l’Académie royale danoise des sciences et des lettres et de l’Académie royale suédoise des sciences, il a reçu en 2022 le Pomerance Award de l’Archaeological Institute of America. Depuis 2024, il codirige le projet Codicum, financé par un Synergy Grant du Conseil européen de la recherche.